Là đơn vị có địa bàn hoạt động rộng, trải đều khắp các cửa khẩu thuộc Cục hải quan TP. Hồ Chí Minh. Nhiệm vụ chuyên môn của Đội là thực hiện kiểm soát hải quan để phòng, chống buôn lậu , chống gian lận thương mại, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới. Trong quý I/2004 đơn vị đã đề xuất nhiều biện pháp chống buôn lậu có hiệu quả. Phối hợp với các đơn vị cửa khẩu lập nhiều biên bản vi phạm hành chính về hải quan trong đó có vụ xuất khẩu cổ vật với số lượng lớn tại Hải quan Khu vực I ( Tân Cảng ). Năm 2003 Đảng bộ Đội Kiểm soát hải quan được công nhận là tổ chức cơ sở Đảng trong sạch vững mạnh.