Là Đảng bộ mới vừa được chuyển lên từ Chi bộ cơ sở tháng 12/2003. Đảng bộ Hải quan quản lý hàng Đầu tư là Đảng bộ có nhiều bước phát triển mạnh mẽ về công tác Đảng cũng như về chuyên môn trong những năm qua.

Nhiệm vụ công tác chuyên môn của Đảng bộ là kiểm tra, làm thủ tục đối với các doanh nghiệp đầu tư nước ngoài, ưu đãi đầu tư trong nước và các doanh nghiệp hoạt động theo luật dầu khí. Năm 2003 Chi cục Hải quan quản lý hàng đầu tư hoàn thành vượt mức chỉ tiêu thu thuế .